在1998年之前的股份制改革过程中，全国出现了大量地方产权交易所，几乎每个省都有各自的交易市场。这与现在的情况十分类似，只是这些地方交易所当时并不叫区域性股权市场，而常冠以“登记中心”之名。其中影响最大的是在北京设立的NET、STAQ二个法人股交易网。
1998年，《国务院办公厅转发证监会关于清理整顿场外非法股票交易方案的通知》出台，开始在全国范围内对交易场所进行清理，除沪深两地交易所外，其他地方交易所几乎全部被关停。
多个交易关闭后，引发了大量股民上访，为解决这些社会矛盾，2001年7月16日设立了“证券公司代办股份转让系统”(俗称“老三板”)，这个市场解决了NET 、STAQ挂牌公司的股票交易问题，同时也解决了主板市场退市公司的股票交易问题。这个市场设立以后，很快受到北京中关村部分企业的高度关注，这些企业一直积极准备创业板上市，后因创业板中途停止而未实现愿望，这些企业提出了一个退而求其次的方案——在老三板上市。此项需求最终催生了此后俗称“新三板”的中关村证券公司代办股份转让报价系统(2006年1月23日设立)出现。
新三板市场设立的头些年，定位服务高新技术企业，但始终在中关村试点，未能覆盖辐射全国。在这期间，根据国务院相关文件精神，天津股权交易所、重庆股份转让中心、上海股权托管交易中心等面向全国市场的地方交易场所又先后出现。与此同时，随着部分地区金融创新力度的加大，一批从事文化艺术品和大宗商品中远期交易的地方交易所也陆续设立。
2011年，《国务院关于清理整顿各类交易场所切实防范金融风险的决定》(国发〔2011〕38号)，以及《国务院办公厅关于清理整顿各类交易场所的实施意见》(国办发〔2012〕37号)相继出台，再次对各类地方交易场所进行清理整顿。
2012年7月《关于清理整顿各类交易场所的实施意见》规定了各类交易场所原则上不得跨区域设立分支机构。
2012年9月份，证监会印发《关于规范证券公司参与区域性股权交易市场的指导意见(试行)》首次提出“区域性股权交易市场”，这是监管部门较早正式肯定区域性股权交易市场的存在及作用。
随后，全国各地又纷纷设立了50余个服务本省或本市的区域性股权市场。
2017年1月，国务院办公厅发布《关于规范发展区域性股权交易市场的通知》，明确将区域性股权市场纳入中国多层次资本市场体系，主要服务其所在行政区域内的中小微企业;同时要求各省、自治区、直辖市仅可设立或保留1家运营机构。
2019年12月，全国人大常委会通过新修订的《证券法》。其中第98条规定，“按照国务院规定设立的区域性股权市场为非公开发行证券的发行、转让提供场所和设施，具体管理办法由国务院制定”，正式明确区域性股权市场的法律地位。
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