一、 改制主体资本金来源问题
事实：经常碰到的要改制的民营企业其主要资产所在的法律主体其初始资金来源的合理、合法的问题。民营企业在以前的发展中存在各种不规范行为，由不规范行为获得的大量盈余资金投资于现在要改制的企业。
解决方法：如果初始投资数额小，容易合理解释这些初始资金的来源问题，仍以此主体为改制主体；如果金额巨大，难以合理解释初始投资的来源情况，就得考虑另行选择改制的法律主体。由于另选法律主体，就要对有问题法律主体拥有的主要资产进行收购，收购必须按市场公允价格进行，以免以后由于价格交易不公允造成对收购行为合法、合理性的怀疑，整体资产收购时对转移的债务要获得债务人书面同意，对存货、长期资产要获取相关发票作为入帐的依据。
二、 历史经营隐瞒收入问题
事实：民营企业在以往的经营中普遍存在隐瞒收入行为，由于隐瞒收入，达到了少交税款及不露富的目的。
解决方法：如果这些收入金额小，不会因隐瞒这些收入影响最近三年的盈利，可采取在以后逐步入帐的方式；如果金额较大，因隐瞒这些收入而影响最近三年连续盈利或者对改制时的净资产有大的影响，应考虑这些收入追溯在以前年度入帐。在以前年度入帐的追溯期限最好不要超过两年。
三、 员工社保费欠交问题
事实：民营企业一般对管理人员，技术骨干的社保费投保，但对生产经营一线的大多数员工的社保费义务没有履行。
解决方法：据1999年初颁布的《社会保险费征缴暂行条例》，民营企业（私营企业）在社会保险费的征缴范围内。《社会保险费征缴暂行条例》发布前成立的单位，缴纳基本养老保险费和失业保险费的时间从1999 年 1月开 始。条例发布后成立的单位，缴费时间从成立当月开始。缴纳基本医疗保险费的时间，从当地医改方案实施当月开始。故在改制时必须要企业提取足额的社保费。如果民营企业的法律形式是外商投资企业，其日常已按规定按工资总额的14% 提取了职工福利费，据财政部及国家税务总局的有关规定，外商投资企业如已为员工提供了医疗保险基金、住房公积金、退休保险基金等基金，职工福利费可不再提取，故可把帐面已提取未使用的职工福利费转换为社保费用，对差额部分再行提取。
四、 帐外资产
事实：民营企业很多资产因为来源渠道不正，没有获得必要的财务及法律单证，在企业帐面不存在，但实际生产中却一直在使用，这部分资产为帐外资产。
解决方法：如帐外资产为国产设备且不造成帐面资产与企业营业规模匹配问题，可让企业在现在这个时点购入；如已造成帐面资产与企业营业规模不匹配，就要追溯调整其以前年度资产和相应折旧费用。如帐外资产为进口设备，而进口设备涉及的关税一般比较高，而海关单据难以追补；另即使以现在名义进口是否可行还得具体考虑。
五、税务问题
事实：改制前民营企业的利润额很小，由于改制后对以前年度利润有大的调增，相应的各项税金也增多。
解决方法：对改制前年度增加的税金可要求地方政府从其他渠道返还；对改制以后年度的税项也可以适当争取返还，但不能对这一块要求过大。地方政府对补交税项能通过其他渠道返还的一般为其从补交税款中属地方财政分成部分，故对补交的税款全额返还一般不可能，以下是根据现税收制度中地方所属企业（民营企业一般为地方所属企业）各种税中央、地方的分成比例及最大可能退还比例
六、 改制主体私有化规范问题
事实：现各地普遍对中小型国企、集体企业进行了私有化改制，私有化改制执行的有些地方政策不符合国有资产管理的有关规定，造成国有资产低价贱卖的事实。
解决方法：针对这种现象一定要求其按国有资产评估确认值进行补交款项（当然，国企改制时中央政策允许的必要扣除可不必补交），对补交的款项政府再通过其他途径予以返还。
七、 会计原始凭证不齐全
事实：已入帐的收入、购货及费用开支大量用收据、白条抵帐，没有按规定取得合法的原始单据。
解决办法：已入帐收入已经纳税申报，虽然不规范，但没有偷逃税款，故不构成障碍，故可以维持原样；对采购及费用开支大量使用白条客观上帮助售货方及劳务提供方偷逃税款的可能，另公司开支行为的真实性、合法性也受到怀疑，一方面尽量以发票单据替换，对无法替换的则维持原样，由于替换后白条数量大量减少，对会计师认定报表的风险已大大减少，有助于会计师出具审计报告。
八、 财务规范问题
事实：出纳、会计、记帐职务互兼，仓管、发货人员兼任存货、销售明细帐记帐，内审与财务会计同在一个部门。
解决方法：职务互相分立，减少人员舞弊的可能。
九、 关联企业间的担保问题
事实：改制主体与股东及股东控制企业存在互相提供银行借款担保，如果解除担保，银行就要回收借款。
十、 资产多重抵押问题
事实：这种情况理论上不应该发生，是指同一资产向银行及融资方进行了两次以上抵押。以房屋建筑物、车辆进行多重抵押不太可能，机器设备还有可能。
十一、企业所有者的个人所得税问题
事实：私营企业投资者从企业分得的红利要按税法规定缴纳个人所得税，怎么使个人所得税最小化。
解决方法：构架一个新的公司作为对改制企业持股，如此即使改制主体分红，由于分红对象是法人，法人对收取的分红作为投资收益处理，如两者的所得税税率相等，可不再补交所得税。企业主的各种个人开支就可以在这个持股公司帐面处理，而不必个人从持股公司分红后再去消费，徒增个人所得税。
十二、多套帐务问题
事实：民营企业针对财政税务、工商、银行及客户各有一套报表及帐务。也就是在法定报表帐本外，另有帐外帐。
解决方法：因财政税务部门的报表、帐本是法定报表、帐本，故应依这个报表为基础，把在另外帐务记录的经济业务纳入，至于如何纳入可参阅二、四，另外的特殊情况具体问题具体对待。
十三、进口设备转移涉及关税补交问题
事实：民营企业在经营中设立了众多法律主体，改制时要把众多法律主体的资产纳入到有限的一两个主体，如转移的资产为进口设备并因进口时享受了关税减免政策，就在一定经营期限受海关监管。如这些设备转移，需涉及关税补交问题。
解决方法：在当地设立分公司，取代原来的设备进口方使用这些设备，由于设备不涉及物理距离的移动，一般可以获得海关转移产权不用再交纳关税的批复。
十四、家庭财产与公司财产不分的问题
事实：公司经营业务收支与家庭消费开支不分，业主不支取薪水。
解决方法：情况同十一、不再细述。
